斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
2060年，世界组织为解决各种超自然危机，在全球范围内挑选精英特工组建了危情局。危情局又挑选精英中的精英，组成一个王牌小队，取名为魅影。三年前，在一次接收宝物的任务中，由于队长昊远的轻信，导致了魅影小队被戴瑞克小队偷袭，几乎全员阵亡。昊远自己也被戴瑞克栽赃并落入悬崖。然而，目标宝物-永生石意外进入昊远体内，使他死而复生，还获得了操控时间的异能，拥有了时间静止、时间倒流等超能力。我们的主人公从此开始过上了逃犯的生涯。昊远不愿面对过去，选择隐姓埋名，过着平淡的生活，一心守护着战友的妹妹-顾小溪。可天意弄人，Y城出现了一种蓝色病毒，感染者皮肤出现蓝色纹理，然后一点点遍布全身，最终死亡。而顾小溪，也被感染了。为了破获蓝色病毒事件，拯救顾小溪，昊远回归危情局。与性感干练的特工御姐——夏柔、古灵精怪的天才萝莉——童晓晓、混迹江湖的中二大佬——展鹏等怪咖临时凑在一...
