在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
栖息着奇妙奇怪的生物们，
沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
陆续得到了“探窟家”的名号。
住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
莉可决定潜入阿比斯深处。
被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
也为了寻找自己的记忆而决定同行。
莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
