大儒傅青主精于医道，受故人之托回乡为友妻苏烟症病，却不料这是场针对他的局。傅青主以医者仁心的态度治好知府夫人及苏烟之症，舍去自身声名救出好友及苏烟，将傅青主妇科传与苏烟，要她传承华夏医术。
1895年，甲午战争结束。日军偷袭澎湖，强迫清**割让台湾。刘永福临危受命，赴台主持军务。此时的台湾人心惶惶，绿营武备松弛，官员竞相内渡。面对日军逼境，刘永福挺身而出，团结台湾志士，以孤军抗击日军的进攻。
电影《乙未之台岛遗恨》主要反映1895年清朝**在甲午战争失败后，被迫将台湾列岛割让给日本，民族英雄刘永福率领黑旗军和台湾各民族人民组成义军抗击日本侵略者的英勇事迹。
