斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
灵界之初，阴阳未分，瞑涬鸿蒙，后大道萌芽，灵神生其中，灵神创灵界万物，并于源神谷将自身力量化作【九件圣天灵器】，维持灵界稳定，生生不息。 灵界人族——炬皇，懵然中发现修炼大道碎片【灵气】的方法，以此成为第一代统治人族的王者，他发现了源神谷的强大力量，于是深入源神谷，妄图以凡人之躯掌握神之伟力，然圣天灵器异常强大非凡人所能染指，炬皇最终被强大的灵力吞噬，炬皇临终前有言：继承九件圣天灵器者，获永生，与天地齐寿。 现如今，普通人只能生活在圣天灵器护佑的城市之中，灵界被玄阳，月族和山海联盟分割，三足鼎立，勉强维持着表面的和平… 影月族族长之女影月琉璃作为影月族的继承人，天赋异禀，族人都希望她可以带着影月族重新崛起。但是琉璃却只想过简单轻松的生活，当一条咸鱼。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。
在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
2060年，世界组织为解决各种超自然危机，在全球范围内挑选精英特工组建了危情局。危情局又挑选精英中的精英，组成一个王牌小队，取名为魅影。三年前，在一次接收宝物的任务中，由于队长昊远的轻信，导致了魅影小队被戴瑞克小队偷袭，几乎全员阵亡。昊远自己也被戴瑞克栽赃并落入悬崖。然而，目标宝物-永生石意外进入昊远体内，使他死而复生，还获得了操控时间的异能，拥有了时间静止、时间倒流等超能力。我们的主人公从此开始过上了逃犯的生涯。昊远不愿面对过去，选择隐姓埋名，过着平淡的生活，一心守护着战友的妹妹-顾小溪。可天意弄人，Y城出现了一种蓝色病毒，感染者皮肤出现蓝色纹理，然后一点点遍布全身，最终死亡。而顾小溪，也被感染了。为了破获蓝色病毒事件，拯救顾小溪，昊远回归危情局。与性感干练的特工御姐——夏柔、古灵精怪的天才萝莉——童晓晓、混迹江湖的中二大佬——展鹏等怪咖临时凑在一...
