小学五年级女生石冈葵在某个大雨的日子里,消失在向日葵花田旁的路上。只留下了一把伞。埼玉县搜查一课刑警奈良健市接到失踪报告后,急忙赶到了事件现场。孩子的父亲征泽正附近参加搜救活动。他原本正在和妻子商量离婚的事情,他正和妻子孩子分居,但收到通知之后立刻赶了过来。葵到底是被拐卖了,还是遇到事故了,还是因为父母的糟糕关系而离家出走了,这些都不清楚。就在搜索陷入停滞的同时,刑警奈良也在直面妹妹真由子的问题。他的妹妹真由子过去曾经被男性袭击过,从那以后一直对那件事抱有心理阴影。奈良就是因为家人的这种遭遇,才立志成为警察的。奈良决心无论如何都要找到小女孩葵。在家人的焦躁,各种错综复杂的信息纠缠中,时间也逐渐拉长,但奈良依然没有放弃,并且逐渐找到了事情的真相,寻回了被诱拐的孩子。
正值万圣节之际,东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼,身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候,突如其来的暴徒向佐藤扑去!高木为了保护佐藤而受伤,好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的,是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影,这一次出现在了高木的身上。
与此同时,那场连续爆炸事件的犯人越狱了!这是巧合吗?
这个犯人同时也是公安警察降谷零(安室透)宿命的敌人,因为他害死了自己的同学松田。在即将追到犯人之际,突然出现了一个神秘的变装人物,给安室装上了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹,柯南赶到了安室潜伏的地下避难所。柯南从安室口中得知了另一桩事件——三年前,安室和警校同学(现已亡)在涉谷遇到了身份不明的变装炸弹犯「普拉米亚」。
然而这时,危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……