2014年6月底，在《希德尼娅的骑士》一期动画最终话的片尾公布了二期动画《希德尼娅的骑士：第九行星战役》制作决定，并将在11月举办二期动画第一、二话的先行上映会，上映会门票将在动画第一、二卷中限量附赠。此外，原作中的重要角色“白羽衣紬”也将在第二期动画中登场；而原作者贰瓶勉的早期作品《BLAME！》亦会在第二期动画中以剧中剧的形式动画化。
曾几何时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）迫于饥饿爬到地面，偷米后被人抓住，后在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫 配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）等人。未几，少年们外出执行采集任务，甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……
本片根据贰瓶勉的漫画原作改编。
———— 身長差15メートルの恋
未知の生命体ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は
巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。
再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや
人型戦闘兵器衛人 （ルビ：モリト） のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。なんとか勝利をおさめたのだった。
あれから10年－。
シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。
