电影《茅山叔叔》影片主要讲述了清末民初年间，香港任家镇富商任老太爷病逝后尸体不翼而飞，同时镇上惊现“血妖”作祟，“茅山叔叔”毛小方与两个徒弟协助曹歪嘴队长追查“血妖”揭露事实真相的故事。
故事发生在民国年间一个叫黑石岭的地方，频发的战乱使得百姓民不聊生，各路怪力乱神频现，一直流传着“招黑石岭山神附身”可堪吉凶的说法。主人公刘三木历经各种磨难，在重重谜雾中不畏凶险，抽丝剥茧终于揭开了一切事情的真相，将光明带到黑石岭……
武周时期，豫州刺史为早逝的儿子操办冥婚，不料妙龄新娘的尸身突然异变成一具白骨骷髅大开杀戒，所杀之人皆化作森森白骨，惨烈现场只留下一句话“武后死，李唐兴”。武后震怒，急命贴身美女高手尉迟晴协助狄仁杰督办此案。狄仁杰将怀疑的矛头直指李氏子孙越王李贞，却遇骷髅攻击李贞，在狄仁杰与骷髅的混战之中，罹难的百姓竟也变成骷髅并融合成为一个巨大的骷髅将军。案件迷雾重重，狄仁杰能否拨云见日，揪出幕后之人？
“水鬼”俗称“水猴子”，民间传言是死者怨气所化。那些淹死、投水自杀或意外而死的人，会徘徊在淹死的地方，变成水鬼，然后在水里耐心的等待、引诱，或是强迫人落水而死，来当自己的替死鬼。千百年来，水鬼无忧无虑的靠这个方法投胎转世，摆脱来自地狱的苦难。民国时期，有一处四面环山叫做“天水村”的地方，太姥爷就在那里出生，村民们在村长钱兴的带领下，虽不富足，却也过着安稳的日子。直到有一天晚上，太姥爷坐船回来，村里开始频繁出现各种诡异的事……
仪凤年间，一伙盗墓贼掘出一具神秘食人棺，盘棺金龙冲棺而起，食人棺飞入皇宫大殿，染蛊丧尸破棺而出刺杀帝后，御前侍卫李凌薇舍命救驾有惊无险。大理寺狄仁杰受命展开调查，发现嗜食人肉不惧刀兵的丧尸与二十年前被流放岭南的王皇后一族有关。恰逢龙凤出游赏花灯之夜，诡异的笛声飘荡在长安城上空，丧尸倾巢而出，被咬伤的百姓纷纷染蛊，狄仁杰李凌薇率军拼死抵杀，城内将士却越来越少，蛊人大军却越来越壮大，唯有等到破晓之时，蛊人自焚于太阳底下，可是他们能撑住吗？
