舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
故事发生在遥远的2061年，自然的破坏使得地球的环境变得十分恶劣，气温骤降大地冰封，在意大利图斯卡纳，居住着伽利略的后代三姐妹。叶月（真堂圭 配音）个性奔放耿直，大大咧咧的她心怀着成为检察官的梦想。神月（大久保瑠美 配音）个性冷淡沉默寡言，拥有极强运动神经的她其实在内心里十分的需要保护。星月（日高里菜 配音）是个高智商少女，对机械颇为精通，三姐妹中要数她的性格最为温柔可人。
一次偶然中，三姐妹遭到了陌生人的突然袭击，而袭击者的目标只有一个，那就是得到传说中的“伽利略的遗产”，可是，对于这笔遗产的存在，三姐妹一无所知。为了不让宝贵的遗产落入坏人手中，本性个性迥异而不合的三姐妹决定合作。
音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称SSS。他们的任务就是要和敌人——神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生命们早早夭折，到底是神的恶意玩笑还是另有安排......
残酷的地下格斗继续进行着。
王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
某天，彼方遭到正体不明的怪物们袭击。救了他的人是神秘的蓝发少女空。她向彼方寻求帮助，对他说“只有你能拯救世界！”。为了从企图利用黑暗之力肆意操控世界的千寿等人手里拯救世界，彼方、空、吸血鬼兄妹冬夜和夕奈，与龙马、神威、半藏等怪物一同面对赌上世界命运的战斗。
在某国立大学念书的花（宫崎葵 配音）与偶然来校旁听的男子（大泽隆夫 配音）坠入爱河，即使对方是一名狼人，她也义无反顾投入对方怀抱。此后的岁月里，花先后生下女儿小雪和儿子小雨。谁知厄运突然降临，温柔的丈夫撒手人寰。柔弱而坚强的花竭尽全力抚养两个孩子长大，吃穿用度，衣食住行 ，无一不牵扯她的心思。而子女狼人的身份也迫使他们离开繁华大都市，前往宁静的山野乡村求生。他们在一栋古旧的民房内落脚，小雪顽劣张扬，小雨纤细内敛，姐弟俩以狼的身姿穿行于深山密林，享受着前所未有的快乐与自由。在此期间，以韭崎爷爷（菅原文太 配音）为代表的村民也给花一家带来无微不至的关怀。小雪和小雨渐渐长大，他们也终于迎来决定身份和前路的重要时刻……
本片荣获第34届横滨电影节评委会特别奖和第36届日本电影学院奖最佳动画电影奖。
银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。
化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……
