全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。
在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。
科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。
由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！
冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——
“NIGHT HEAD”（第6感）……那是指人类没有使用的脑容量的70%的部分。据说人类所拥有的不可思议的“力量”隐藏在70%的部分里。
哥哥雾原直人和弟第雾原直也是所谓的超能力者，雾原直人的能力是“念动力”，雾原直也的能力则为“读心术”和“预知能力”。直人非常疼爱弟弟直也，很为兄弟着想，是个称职的哥哥。
两人从小被从家中带到研究所，抚养了15年。由于岬老人为了保护他们而在研究所设置了结界，所以两人一直无法到外面的世界。岬老人死后，结界消失，直人便带着直也逃出研究所。两人开始了在外面世界的生活，但是，他们所拥有的超能力，会吸引外界充满的“负面能量”。发生在两人身上的各种事件。像是引导着这样的两人一般出现的神秘少女，双海翔子。什么是变革。然后“美崎”到底是....
2095年10月31日。
未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。
自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，
世界因新的战略级魔法师登场而震撼。
其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，
为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。
约两个月后的12月24日。
就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，
达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。
雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，
是和她同龄的女孩子。
与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。
她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。
她身为STARS历代最年轻的总队长，
是操纵战略级魔法重金属爆散的US...
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。
从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。
但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。
获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。
但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。
魔法少女的战斗没有结束——
“这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你”
小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象——“涩谷漂流”。
涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。
不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。
绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。
孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与...
Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。
（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！
新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。
在相互坦白了暗恋对象后，龙儿和大河决定结成统一的恋爱战线，利用相互的帮助来完成各自的恋爱蓝图。但现实并没有想象的那么简单，在重重的误会和波折之中，两人似乎对对方都产生了超越友谊的情感。
冬空凩（小野友树 配音）自幼就有着比一般人强烈的灵感力，常常会遭到幽灵的附身，人生因此一直都不是很顺利，甚至因此而背负上了巨额的债务。无奈之下，冬空凩只得到处寻找容身之处，就这样来到了名为摇曳庄的温泉旅馆之中。
虽然摇曳庄的所有住客都是女性，但冬空凩最终还是在这里找到了落脚之地。天真可爱的地缚灵汤之花幽奈（岛袋美由利 配音）、每天都沉浸在妄想之中的美少女偶像宫崎千纱希（铃木绘理 配音）、对妖怪感到深恶痛绝的灵能忍者高桥李依（高桥李依 配音）、酒吞童子的后裔荒霸吐吞子（加隈亚衣 配音），和冬空凩住在同一屋檐下的是这些奇奇怪怪的美少女们。
