天明8年（1788年）の大火で焼失した京の禁裏（御所）の再建に関する政治工作で朝廷に急接近し、さらに将軍家斉の実家である一橋徳川家に不利な弱みも握り、家斉に将軍退位を迫って将軍職を奪取しようと目論む徳川御三家のひとつ尾張徳川家。その不穏な動きを警戒した松平定信（大宮敏）は、尾張藩の陰謀を阻止して家斉の立場を守るため家来を引き連れて京坂巡視の旅へ出たが、尾張藩より定信暗殺の密命を帯びた百々地源九郎（勝木敏之）を頭領とする忍者集団伊賀十忍が道中で定信の命を狙って待ち構える。秋草は霧の遁兵衛（牧冬吉）ら伊賀同心の中から選りすぐられた9人の忍者と共に定信の警護をしながら東海道を舞台に伊賀十忍と戦う。
徳川御三家のひとつ紀州徳川家の江戸家老の内藤大学（武藤英司）が、根来忍者の頭領牙竜道士（吉田義夫）に命じて病に臥せっていた藩主紀伊中納言を祈祷で呪い殺させた。内藤は紀伊中納言の幼い次男吉綱を新たな藩主に擁立しようと企み、吉綱の後見人となって紀州藩を我が物にする計画を実行するため、世継ぎの対立候補である長男紀伊頼方（添田武利）の暗殺を牙竜道士に命じる。その陰謀を察知した紀州藩の国家老織部飛騨守（青野平義）は、配下の紀州流忍者紀州組の7人に頼方の護衛を命じた。牙竜道士は内藤を利用して吉綱を藩主にさせた後、家斉を暗殺して吉綱を将軍にし、陰から天下を操ろうと企んでいた。松平定信より密かに依頼を受けた秋草は、霧の遁兵衛と共に紀州家の跡目相続をめぐるお家騒動に乗り出して織部飛騨守と紀州組に味方。遁兵衛の師匠で伊賀の里に住む上忍名張半太夫（小林重四...
