故事发生在遥远的2061年，网络成为了维系社会平衡不可或缺的存在，并且已经发展到了凭借意识就能够自由连结的地步，然而，网络的极度发达带来的却是个人信息的不断泄露和被篡改，并且因此而引发了一系列严重的社会问题，犯罪事件频发。
为了保护个人隐私和安全，一个名为“Meta Real Network”的新型网络空间被发明了出来，在那里，名为“Bubble Shell”的防火墙保护着人类的记忆不受侵犯，然而，在这绝对安全的空间里，却有一批犯罪分子利用网络空间的漏洞进行着全新模式的犯罪，为了将这些罪犯捉拿归案，名为“电脑Diver”的探员们出动了，在解决事件的同时，探员们亦在慢慢靠近真相的核心。
《攻壳机动队》动画TV版，分2季。
第一季描述：公元2030年，经历了4次世界大战的世界面临更严峻的挑战。随着人类义体化等科技的不断发展，犯罪行为也日渐离奇复杂。为了解决这类案件，日本内务省的直属部队——公安9课，这个对外不存在的特种部队，在队长草薙素子的带领下向恶势力 发起制裁。而面对公安9课的，是高度发达的科技下创造的案件、权力政治斗争的阴谋、与以笑脸男为代表的Stand Alone Complex犯罪。
第二季故事发生在笑脸男事件结束后，公安9课面对了新的敌人，自称“个人的11人”的反**武装组织开始了计划周密的犯罪，其背后牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对**与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。
