東京八王子で暮らす堂神哲(橋本良亮)は幼なじみのカスミ(清水富美加)とどうにかなりたいと妄想するだけの
普通の男子高校生。
ところが、17歳の誕生日を境に、触れた人間の心や記憶が読める魔力に目覚めてしまう。
戸惑う哲の前に現れたのは、ヒーロースーツを着た4人組。
スーツを脱いだ彼らは失踪中の兄拓の幼なじみだった !
自分たちは選ばれし“童貞”だからこそ使える「魔法」で犯罪者を制す正義の味方で、そのの魔力に目覚めた哲にも
チームに入ってほしいと誘ってくる。
哲は、1年前に失踪した兄も魔法使いだったと聞かされ混乱、自分は仲間にならないとその場を離れるが、
伊達勉(戸塚祥太)から兄の思いを聞かされて、戦う決意を固める... !
某一天，一颗陨石坠落地球，引发不可思议的时空扭曲。穿越时空隧道出现的，是来自40年后的未来假面骑士波塞冬（浜田賢二 饰）。与其它伙伴相比，这是一个好战求胜的战争狂，他发誓要打败所有现代的假面骑士。以此为契机，火野映司（渡部秀 饰）、后藤慎太郎（君嶋麻耶 饰）和伊达明（岩永洋昭 饰）暂时告别普通人生活，挫败波塞冬的野心，并救回失踪良久的Ank（三浦涼介 饰）。与此同时，邪恶组织财团X利用陨石带来的宇宙生命之种SOUL展开邪恶计划。为了保卫地球和宇宙，史上最强大的假面骑士部队集结于此……
本片为假面骑士系列40周年纪念作品。
每逢案件搜查都状况百出的警视厅搜查一课刑警—–南波阳人（田中直树）在某一天，被搜查一课长五十岚修（武田铁矢）给叫了过去。原来此前，南波的母校帝都大学法学系教授曾受托负责《犯罪搜查百年史》的编修。然而上头却勒令中止制作，需要南波代为前往道歉。南波边嚷嚷着“我不是为了做这种事才当的刑警”边心不甘情不愿地提着伴手礼前往帝都大学。没想到却在那碰到了意料之外的案件。下任校长候补人选的医学系教授—–高寺保的尸体在讲台上被发现了！而且高寺的尸体是从讲台天花上被吊下来，帷幕上布满了耐人寻味的数字暗号……在这谜团重重的案发现场，出现了一个颇感兴趣地自言自语道“这个案件大有内幕”的男人。原来他正是南波此行要拜见之人—–上知天文下知地理的文科天才、别名“知识巨人”的宇野边叡古（藤木直人）。
南波所属的搜查一课立刻展开了搜查。却不料在案发现场发现了睿古常用的烟斗里的烟草！看...
