庚子年，恰逢天象“四星合一”，预示改朝换代之征兆。
曹操（周润发 饰）的部属、尤其他的公子曹丕（邱心志 饰），希望借此良机推献帝禅位、曹操登基；同时反对曹操的势力，也加紧了行动，无人知晓四星合一之时，大汉天下将发生何种惊天动地之事。 关中，马超、韩遂的俘虏营后方，少男穆 顺（玉木宏 饰）、少女灵雎（刘亦菲 饰）被一支铁骑掠走，押到一个巨大陵墓里，进行残酷的训练，他们将被塑造成铁血死士，完成一个不可告人的惊天任务。 五年后，曹操盛殓关羽，回到铜雀台，灵雎一袭红衣出现在曹操身旁。柔弱的汉献帝（苏有朋 饰）、野心勃勃的伏后（伊能静 饰）对曹操的归来噤若寒蝉，大臣们亦是各怀鬼胎。四星即将合一，一出“杀死曹操”的阴谋大戏正在紧锣密鼓的谋划着……
1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……
