故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。
故事的开头如同《迷失》一样，始于一架即将出事的飞机。在迫降之后飞机上所有人都死于一种神秘的病毒，FBI以及各方调查组介入调查。但这只是故事的开始，接下来FBI的女特工奥利弗-邓哈姆(Olivia Dunham)和高智商天才彼得-毕舍普(Peter Bishop)将携手面对一系列匪夷所思的可怕现象。为了阻止危机的进一步扩展，他们将寻求彼得早已疏远的父亲的帮助。而他的父亲沃特-毕舍普博士(Dr. Walter Bishop)则一直被精神病院所收留。出院之后，三个人组成的调查小组开始对各种离奇事件进行研究。随着遇到的事情越来越棘手，沃特-毕舍普博士背后不为人知的一面也逐渐浮出水面。片中出现的一个名为巨能(Massive Dynamic)的前沿科技公司也跟沃特-毕舍普博士颇有渊源，它的创始人曾跟他同在一个实验室共事。但巨能公司的诡秘行为却不得不让人怀疑它跟一...
歇洛克·福尔摩斯的药物成瘾的根源来自他的内心，在自己和华生医生的努力下，他暂时摆脱了毒品。可是，问题并没有消除，只是潜伏下来了，并且潜伏得很深。在第三季季终，福尔摩斯不幸复吸，其父听闻这一消息后赶往纽约。华生则在丧偶后回到福尔摩斯身边。
一架从汉堡飞往波士顿航班安全着陆，飞机上的机组成员和乘客却全部死亡。这起离奇案件揭开了一连串奇异、危险事件的序幕。
FBI女探员奥莉维亚德纳姆（Anna Torv 安娜特弗 饰）精明干练，她刚刚和同事约翰斯科特（Mark Valley 马克维利 饰）确立恋爱关系，然而却在某次调查中痛失爱人。奥莉维亚随后被招入专门负责离奇案件的“边缘档案部门”。在此之后，各种匪夷所思事件接连发生，种种迹象表明，这一切似乎与被世人称为“当代爱因斯坦”的沃尔特贝肖普博士（John Noble 饰）以及资力雄厚、背景神秘的巨力公司有关。随着调查的深入，事件背后的黑幕和秘密逐渐显露出来……
大都会平凡的一天，超人（马修·波莫 Matt Bomer 配音）以超凡的实力再次营救露易丝·莱恩小姐（斯坦娜·卡蒂克 Stana Katic 配音），当然他和叛逆的小表妹女超人卡拉（莫莉·奎恩 Molly C. Quinn 配音）以及露易丝之间的关系和烦恼同其他人相比没有任何差别。正在此时，不明物体坠入大气层。超人出面阻拦，却发现来者竟是一个凶恶的机器人。他轻松击败对手，似乎对这样的敌人不以为意，但卡拉心底的悲伤回忆却被勾起。原来当初氪星曾受到这种被称为布莱尼亚克机器人的代规模入侵，卡拉也被迫和父母分离。
意识到事态的严重性，超人必须想尽办法保卫地球，阻挡布莱尼亚克的入侵，但他同时面临最大的挑战……
故事取材自1981年轰动全美的真实谋杀案，凶手亚恩·夏安·约翰逊杀死房东后声称自己是被邪灵附体才会行凶，是美国历史上首个被告以「鬼上身」作抗辩理由的案例，因此称为「恶魔谋杀案」。
11岁男孩大卫被邪灵附体，陷入混沌状态，经常看见怪兽恶魔坐在他喜欢的摇椅上，而他身上更出现 离奇伤痕…受惊且束手无策的家人请来沃伦夫妇介入调查，他们发现大卫被43只恶魔缠身，使乖巧的他行为变得异常，例如像野兽般在地上爬行、胡言乱语甚至背诵他没有读过的圣经及《失乐园》章节…沃伦夫妇遂安排神父为大卫驱魔，可惜未见起色，而更诡异的事情接踵而来，大卫姐姐的未婚夫亚恩也开始行为异常，数月后，亚恩更以利刀刺死了房东。华伦夫妇认为亚恩行凶时被恶灵附身，原来大卫进行驱魔时，亚恩也在现场……
第二部在延续第一部风格的同时，故事呈现出多线发展的格局，情节有了更高的观赏性。
第一部结尾，博罗米尔被强兽人杀死之后，两个霍比特人皮平和梅利也被强兽人绑架，阿拉贡、精灵莱戈拉斯（奥兰多·布鲁姆 饰）、侏儒金利一路追踪强兽人，营救皮平和梅利，遇到了“复活”的白袍巫师甘道夫 （伊恩·麦克莱恩 饰）。此时，投降索伦的白袍巫师萨鲁曼控制了人类洛汉王国的国王，并派出大量的强兽人军队，准备消灭人类。阿拉贡、莱戈拉斯和金利在甘道夫的带领下，帮助洛汉王国对抗邪恶力量的入侵。
幸运的皮平和梅利被会说话的树精救了出来，并且遇到“复活”的甘道夫，在甘道夫的授意下，树精保护了两人的安全，并且带他们参加树精大会，大会上，树精们讨论对待中土大战的态度：是继续当中立者，逆来顺受，还是奋起反抗？
身负重任的佛罗多（伊利亚·伍德 饰）和山姆继续向末日山脉前进，一路上被咕噜跟踪，弗罗多...
魔幻战争逐渐进入高潮阶段。霍比特人佛罗多（伊利亚·伍德 Elijah Wood 饰）携带着魔戒，与伙伴山姆（西恩·奥斯汀 Sean Astin 饰）以及狡猾阴暗的咕噜等前往末日山，一路上艰难险阻不断，魔君索伦为阻止魔戒被销毁用尽全力阻挠。另一方面，白袍巫师甘道夫（伊恩·麦克莱恩 Ian McKellen 饰）率中土勇士们镇守刚铎首都——白城米那斯提里斯。魔兽大军压境，黑暗与光明的决战即将来临……
本片是“指环王三部曲”的终结篇，根据英国作家J.R.R.托尔金（J.R.R. Tolkien）同名魔幻巨著《指环王》（The Lord of the Rings）改编，并荣获2004年第76届奥斯卡最佳影片、最佳导演、最佳改编剧本、最佳剪辑、最佳艺术指导、最佳服装设计、最佳化妆、最佳视觉效果、最佳音效、最佳配乐和最佳歌曲等11项大奖。
