Little Lars gets caught in a fishing net while swimming in the ocean.
有一个与地球不同次元，名为「疫苗界」的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天封印在那里的病毒大王「暗魔」跑了出来往地球的方向逃亡正为此事烦恼的疫苗界女神「玛雅」命令见习守护兽「麦丸」去抓暗魔及暗魔所生出来的病毒回来。于是在对于其他次元的事完全无知的地球中，出现了一个不怎么有名的新人角色扮演偶像─中原小麦。她今天刚好在池袋一个会场工作，而奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸突然从空中掉下来，被小麦抱住的麦丸因为感受到她爱的力量，于是将魔法手杖交給小麦，说明了一切事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，但是由于她没大脑且对于有困难的人无法见死不救的个性，于是便一口气答应下来…。于是…小麦除了担任魔法少女之外，还要从事偶像的工作，而学校也不能不去，小麦于是便成了一个大忙人。话说回來，她能够用爱的魔法拯救地球吗？
在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。
这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作为前辈，空（矢岛晶子 配音）、光（折笠富美子 配音）和砾（野田顺子 配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？
故事发生在私立碧阳学园之中，这里的学生会成员，是凭借着学生们在学校的人气而选出的，这也就意味着，能够进入学生会的，都是在校园中超级受欢迎的美少女！杉崎键（近藤隆 配音）凭借着自己的努力和毅力最终当选了学生会副会长的职位，亦成为了学生会中唯一的一名男生，而他拼尽全力也要杀入学生会的理由，就是想让学生会的所有女生们都成为他的后宫。
娇小可爱的樱野栗梦（本多真梨子 配音）、成熟稳重的红叶知弦（美名 配音）、活力满满擅长运动的椎名深夏（富樫美铃 配音）、温文尔雅娇弱可怜的椎名真冬（野水伊织 配音），在这些女孩子们中间，杉崎键的日常会是怎样的面貌呢？
小学３年生の姫乃が田舎の大きな屋敷に引っ越してきた。
しかし、そこはなんと忍者屋敷だった！
炎を操る赤巻、水回り担当の青巻、日曜大工担当の黄色巻。
忍者たちは、姫乃を姫と勘違いして、
それぞれの得意ワザでこじんまりと問題を解決していく。
しかし、忍者の力はそれだけではなかった。
青巻と黄色巻の分身が合体して混ざると緑巻が、
同様に赤巻と青巻で紫巻が、赤巻と黄色巻で橙巻が誕生するのだ！
そんな色とりどりの忍者たちとの不思議な生活が始まる一方で、屋敷に近づくのは巨大な竜巻。姫乃一家はどうなるのか！？
カラフル忍者は姫乃を守ることができるのか！？
