第二季故事舞台将以暗流涌动、风雨欲来的地界为背景延伸至更广阔，大人物小人物的恩怨情仇、各势力间复杂的利益斗争、灵界入侵的阴谋始末和主角一行人在乱世洪流中的使命抗争。
女娲大神为了造福苍生而创造的神兵兽，在新一辑故事中再次面临挑战！黑暗势力元始天魔千方百计将神兵小将和神兽引领到神秘岛国——「山外山」；天魔希望利用神兵小将的纯洁和正义，获得「山外山」五大守护圣兽的信任，将其圣洁的力量交予问天和天晶兽；然后再指使大坏蛋——无敌盟主看准时机，从他们身上夺取圣兽的力量以解除封印，美丽的宇宙随即陷入被毁灭的恐慌之中。
在「山外山」旅程后，「神兽之乡」的旅程又拉开帷幕。问天等人来到神兽学校修炼，居然卷入了一场布偶战争之中——布偶王子想让所有神兽变成木偶！可是经过详细的调查，发现外表邪恶来自于布偶乐园的布偶王子，竟是宽容与纯真的兄弟！幕后主使的坏蛋三兄弟和盖世太保（把宽容等人的三兄弟分散的邪恶神兽）在布偶王子背叛他们后趁机绑架布偶王子！他们一行人又怎么克服此次困难呢？
宇宙浩瀚，产生无数的类型的生命体，这些生命体，形成万族万灵。万族万灵尽管种族不同，信仰不同，但一样的就是奢望得道。 任何一个生灵都是道心蒙尘，他们不甘如此，以修行来悟道而变得强大，甚至永生。天地大道如同气运，有能者居之。大道之路，就是争道之路，这就造成了万族万灵的相争。 一个时代，只能支撑少数一些人得道。得道者，以为站在了世间之巅，以后可以恣意逍遥。但却发现，即使得道。同样难逃厄运，在他们之上有着主宰，收割着一个又一个的时代，收割者天下修行者为了维持他们野心。万族万灵，不过是被这些主宰豢养而已。 这些主宰，收割着得道者，收割着每个世界的灵华，摧毁一个个世界。 历代得道者，都不甘被收割，不断的反抗，可是每一次都失败。 直到……主角叶宇出现，他剥开了一个个时代，剥开了一个个秘密。随着他展开了史诗级的画卷，在这壮阔的世界中，不断的成长，经历爱情和友情，洗净...
