这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里，托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）和米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰）结婚了，并且成为了CTU的主管，而杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国**释放自己的哥哥，以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面，杰克的调查并不顺利，为了打入毒贩内部，杰克不惜染上毒瘾，这导致他在调查中困难重重。而白宫方面，获得连任的鲍尔默总统（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰）康复后身边多出了一位私人医生女友，而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手，在连任压力面前，又要化解这场生化危机。总统还能...
故事紧接上一季结尾：夏威夷州长遭谋杀后，Steve McGarrett成了头号嫌疑人，被临时羁押在监狱里等候出庭受审。Danny突然带着能够洗清他罪名的证据前来探监。与此同时，Kono遭到停职检查的处分，内务调查部派人对她展开全面调查。Terry O'Quinn在本集中扮演McGarrett在海豹突击队受训时的指挥官Joe White；Richard T. Jones扮演新任夏威夷州长Sam Denning；William Sadler再次扮演McGarrett的父亲John McGarrett。
上午8点，美国情报部门收到消息，今天会有一颗核弹在美国境内爆炸。为了阻止这场恐怖袭击，CTU再次召回了因失去妻子已离开CTU一年之久的杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）。随着调查的不断深入，阴谋的轮廓越来越清晰。原来，为了能挑起战争，恐怖组织伪造了一份录音文件，想借美国的手向录音文件中提到的三个国家发动战争。虽然总统对杰克的调查非常相信，但是只有猜测而无实质证据的情况下，总统也无力阻止这场一触即发的战争。由于总统执意拖延阻止发动攻击，内阁和副总统通过通过宪法暂时剥夺了总统的权力，这下杰克没有了总统的支持，只能孤军奋战。时间一点点的流逝，仅有的时间里杰克能查明真相吗？
在这一季里面，杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）戒掉了在第三季中染上的毒瘾，并且离开了CTU而开始为国防部长工作。但是杰克始终摆脱不了与CTU的联系，剧集一开始一场恐怖袭击致使的列车出轨事故使CTU不得不召回杰克进行此事的调查。才深入调查此事没多久，杰克就发现恐怖分子的下一个目标就是国防部长。经过杰克的努力，好不容易解救了被绑架的国防部长，化解了这次危机。原本以为可以松一口气的杰克，却发现刺杀国防部长只是恐怖分子设置的一个扰乱CTU调查的小环节。恐怖分子的真正目的是控制全美国的核电站，通过让核电站超负荷运转引起核泄漏进而威胁全美国，危机这才真正上演……
A publicity seeking radio DJ is driven to the edge of insanity when he attempts to break the 11 day world record for staying awake-under the threat of a deranged caller who will kill him if he falls asleep.
恶战结束，两名铁血战士带着死去同伴的尸体向家乡返航。令他们想不到的是，死去同伴的身体竟成为异形幼卵的栖息地，成熟的异形破胸而出，并且兼具异形和铁血战士的强大威力，成为了连铁血战士也难以撼动的终极异形。一场残酷的杀戮随即在飞船上进行，最终导致飞船坠毁在科罗拉多州的群山之中。
幸存的异形逃出飞船，并开始恐怖的繁殖，而附近的康尼森小镇的居民也不可避免地成为异形狩猎和寄生的对象，原本宁静祥和的小镇变成了恐怖的人间地狱。与此同时，一个留在地球的铁血战士获知了同伴死前发出的信息，他决定与这群宿命的恶魔敌人奋战到底……
