百赞星人的妻子女百赞星人为了给丈夫报仇，派黑色奥特曼夏德奥特曼来到了地球。哉阿斯奥特曼在南极被夏德打败了。受着战败的影响，朝日胜人（关口正晴 饰）失去信心，从MYDO辞职了。
然而，女百赞星人固执地要让哉阿斯在地球人面前被杀死，女百赞星人用夏德星人的主控制光线绑架人类，其中就有胜人所爱的MYDO女队员星见透（高冈由香 饰）……
愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥……
本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第三部。
