上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗...
1964年，年轻的阿里（Will Smith 威尔 史密斯 饰）凭着高超的拳术，坚韧的毅力战胜尼桑里斯顿成为了新的拳王！时值越南战争期间，阿里拒绝服兵役，因为“越共没有管我叫黑鬼”。正因为阿里直率的性格，拒绝向自己认为错误的事屈服，阿里因此吃尽苦头：美国**用尽方法企图将阿里投进监狱；拳击理事会剥夺了阿里拳王的金腰带，等等。
在1964至1974这社会动荡的10年里，阿里表现出的坚忍不拔的毅力和决不屈服的独立性不仅对他个人，对拳击界甚至对整个社会都产生了巨大的回响，阿里亦因此成为黑人运动和反越战运动的精神领袖。
最终在1974年，阿里凭着过人的毅力，以34岁的运动高龄，再次向拳王发出了挑战！
