地球-65,蜘蛛女格温(海莉·斯坦菲尔德 Hailee Steinfeld 配音)因为好友彼特之死而充满愧疚,而父亲对蜘蛛侠的误解也让她倍感焦虑。某次行动中,格温结识了来自其他宇宙的同伴米圭尔·奥哈拉和杰西卡·德鲁。从他们口中得知,为了防止多元宇宙进一步崩坏,米圭尔策划成立了由蜘蛛侠中的精英组成的突击队。格温受邀加入他们,并利用时空穿梭的机会来到了地球-1610,见到久违的迈尔斯(沙梅克·摩尔 Shameik Moore 配音)。此时的迈尔斯和父母关系紧张,他憧憬格温,渴望加入突击队又遭到拒绝。
随后迈尔斯又听到一个可怕的消息,每一个宇宙中,失去至亲正是所有蜘蛛侠的可悲宿命……
繁华时尚的忍者岛,乐高小人们过着快乐无忧的日子,除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都(贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音)的入侵骚扰外。当然,幸亏有英勇无畏的幻影忍者,他们一次次挺身而出,与魔王大战,才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德(戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰)是加满都的亲生儿子,不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后,加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻,劳埃德启动了吴大师(成龙 配音)禁止使用的终极武器,最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。
为了拯救忍者岛,幻影忍者们跋山涉水,甚至与加满都展开了合作……