あれから4年の月日が流れ、Piaキャロットも2号店を出店し順調な発展を遂げていた。そんな折、前田耕治は親友の矢野真士から夏休みの間のバイト募集の 話を受け、駅前で待ち合わせをしていた。待っている間に彼のところに一人の女性が突っ込む。彼女の名は日野森あずさ。しかも激突したときに耕治はあずさの 胸を触った上、彼女がつけていたロケットを馬鹿にしたことで口論となってしまう。その後真士とともに面接を受けるが、真士は自らの同人誌執筆との両立をも くろんだ週2回の希望があだとなって不採用、耕治は採用されたものの面接の時にあずさと出会ってしまうなど、前途多難なバイトの日々が始まってしまうの だった。
つかの間の平和を謳歌する耕平と５人のミクロマンたち。しかし、耕平の家族が乗った旅客機が謎の消失を遂げてしまった。時を同じくして世界各地で建造物などが消失する怪現象が多発、悪の軍団アクロイヤーの仕業だと考えたアーサーたちミクロマンは、重力異常を感知した太平洋上に浮かぶ謎の島へ耕平を連れ急行する。そこで彼らを待ち構えていたのは、地球征服を企み全人類を消し去ろうとするアクロイヤー軍団最強の戦士ゴルゴンであった！
『小さな巨人 ミクロマン』の劇場版アニメーションで、1999年夏の東映アニメフェアの１作として公開された。
