因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。
那是世界大战之后雨下个不停的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市“封印都市”。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
“恭喜您！您正正好是250万个客人！”
对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入'封印都市"，被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。
“要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家...
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。
在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。
这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。
某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，
理树则开始了寻找成员的任务。
在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。
和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。
经历了许多快乐的事情，
同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。
最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。
——然而，这并不是结束。
和来谷唯湖之间的故事。
理树与铃的故事。
以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。
Little Busters真正的物语，自此开始——。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。
就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
平静略显无聊的日子里，枣恭介（绿川光 配音）、枣铃（民安智惠 配音）、井之原真人（神奈延年 配音）、宫泽谦吾（织田优成 配音）以及直枝理树（堀江由衣 配音）等Little Busters的各位坐在一起聊天。真人讨厌被大家成为宇宙笨蛋，恭介则适时提出了强者挑战赛，拿到冠军自然有机会为自己正名，此外他还为在场的各位设定了种子排位。在此之后，接二连三有趣搞怪的挑战赛在校园内举行。与此同时，来谷唯湖（田中凉子 配音）则帮助西园美鱼（巽悠衣子 配音）、神北小毬（柳濑夏美 配音）、能美科多缭卡（若林直美 配音）等人解决各种各样的人生难题，反倒闹出不少笑话。 谁知就在此时，一个神秘的面具齐藤接连打败排行榜上的高手……
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。 那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市【封印都市】。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的 解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
