12年前、突如日本に出現した謎の生命体「ヘテロダイン」。ヘテロダインに対しては軍による総攻撃も意味を成さず、最終的にOE兵器の使用という惨事をもたらして、事件は終結した。
それを撃退する為に国連安全保障軍（安保軍）が建造したスーパーロボット「ダイガード」は、事件後に制定された『界震災害関連法』に基づき、安保軍の対ヘテロダイン部隊が民営化され同軍が筆頭株主であり対ヘテロダイン対策を主目的とする民間の警備会社「21世紀警備保障」に移管されたが、その後 12年間ヘテロダインが現れなかった事から「無用の長物」と化し、ダイガードの維持管理も総務部の「広報2課」が広報活動の一環として行っていた。
西暦2030年のとある秋の日、熱海に突如としてヘテロダインが出現。現場に居合わせたダイガードのパイロットにして21世紀警備保障の社員である赤木は、避難命令を無視し...
持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。
