由于父亲工作的缘故,二见望(高城元气 配音)将寄宿至小镇上的阿姨家,并且在那里的“双爱学园”里完成自己初中的课程。关于这个小镇,有一个忧伤又美丽的传说,一对双胞胎姐妹同时爱上了一名年轻男子,由于男子无法做出抉择,悲伤的姐妹两化作小鸟飞翔天际。不知是不是由于这个传说的缘故,小镇上的双胞胎姐妹特别的多。
在小镇上,望结识了樱月姐妹琦罗(伊月唯 配音)和希罗(纲挂裕美 配音),一条姐妹薰子(堀江由衣 配音)和菫子(小清水亚美 配音),白钟姐妹双树(门胁舞 配音)和沙罗(水桥香织 配音)等双胞胎姐妹们,她们外表相似但个性迥异的特点吸引了望的注意。同时,在望的记忆中,幼年时曾在这里和一对姐妹许下了约定,他知道,这对姐妹正藏在这些五光十色的女孩子们中间。
宇宙連邦捜査官バーディーと、彼女と身体を共有することになってしまった地球人の高校生千川つとむの、 奇妙な“二心同体”生活を描くゆうきまさみ原作コミックスがTVアニメ化。『天空のエスカフローネ』『ノエイン もうひとりの君へ』を手掛けた赤根和樹監督指揮のもと、シリーズ構成に『鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST』の大野木寛、キャラクターデザイン総作画監督に『NARUTO -ナルト-』『BECK』などで注目を浴びたアニメーターりょーちもと、豪華布陣によって制作された。『-THE CIPHER-』は『DECODE』と続編『DECODE:02』の間をつなぐ、未放映オリジナルエピソード「BETWEEN YOU AND ME」と、ノンクレジットOPED、第2期の特番などを収録したDVDである