之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。
另一方面取回小时候的...
「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！
谜样巨大魔化魍现身当代日本，主角“响鬼”变身“假面骑士响鬼”，展开与魔化魍的战斗，孰料响鬼却败阵重伤……明日梦与势地郎为了打探魔化魍的原形，开始查阅古代资料。明日梦赫然发现这本战国时代的文献，其中竟有着与自己同样的名字……一段穿梭古今的热斗传说，就此展开！
此部作品以现代的剧情带出古代鬼一族与魔化魍的纷争，也间接带出“猛士”组织的成立来由。
一群盗贼为了寻找传说中的宝藏而去到远海的孤岛监狱，但他们却发现了被囚禁在那里的Hakaider，最后全被Hakaider杀死。失去记忆的Hakaider为了追寻身世而来到了“基督城”，基督城虽然表面上是一个和平的都市，但其实内里统治者古谢夫将有反抗意识的人改造为不反抗者，营造出一片虚假的和平。其后Hakaider在与基督城的重武装兵交战时，当地的反抗组织出手相助，战斗后Hakaider与组织成员一同返回地下基地。在基地内，Hakaider与一名叫薰的少女产生了微妙的关系……
得知Hakaider出现的古谢夫命令重武装兵将它消灭，因为Hakaider为古谢夫所制造，但由于不服从命令而被囚禁，Hakaider的出现无疑会危及他的统治。在古谢夫的亲卫机器人米迦勒的带领下，重武装兵突袭反抗组织基地，薰因此而丧生。袭击后得以存活的Hakaider无比愤怒，为了...
距今45年前，初代假面骑士——本乡猛（藤冈弘 饰）诞生于世。历经将近半个世纪的斗争，本乡的足迹早已遍布全球。当他听说一名女子正陷入危机中时，当机立断赶回了祖国日本。原来修卡盯上了一个名叫立花麻由的女孩子，只要抓住她，就有可能复活组织内的最高干部——地狱大使。本乡在得知修卡的阴谋后，连忙找到好友——假面骑士Ghost的变身者天空寺尊（西铭骏 饰）。而隔了三年重新见到本乡，麻由的内心也涌动着复杂的情怀。
然而长久以来严酷的战斗，让本乡的身体已经濒临崩溃边缘。偏偏就在此刻， 修卡的手下接二连三前来。与此同时，三个叛出修卡的家伙还结成新的组织，布下了抢夺日本的邪恶计划。空前危机，本乡为爱而战！
自从本乡猛（黄川田将也 饰）和一文字隼人（高野八诚 饰）背叛修卡的两年后，他们二人各自过着不同的生活。本乡在一所高中任教，时不时遭到学生的戏耍。一文字则整日整夜在夜店俱乐部花天酒地，以排遣修卡所带给他的痛苦和恐惧。与此同时，社会上接二连三发生离奇死亡事件，谣传他们死之前都听过偶像歌手Chiharu的诅咒歌曲。本乡的学生琴美近期恰好因此事而烦恼，他在家访过程中，意外遭遇一群修卡最新制造出来的假面骑士改造人。针对这两名背叛者，修卡展开了全面的围捕，而本乡和一文字必须携手挫败修卡的阴谋……
本片根据石之森章太郎的经典漫画原作改编。
全话由导演版DVD的特典DVD收录。 内容是战国时代的明日梦对当地5名骑士的介绍。没有像本作的严肃的空气，而是相声般的对唱。 介绍顺序是歌舞鬼、冻鬼、煌鬼、西鬼、羽击鬼
