とある田舎の小さな町。最近この町では不思議な事件が多発していた。 そこにやって来た妖怪園児「おおおのしんのすけ」とその父、妖怪「タマタマ親父」。 家出してしまった母妖怪「ケツデカオババ」を探しているという。 町の小学生「桜ふみえ」が突然現れた謎の妖怪に襲われているところを助けるしんのすけ。 この二人の出会いが、小さな町の壮大な妖怪事件簿の始まりであった。
持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。
在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小...
森で遊んでいたピカチュウ、アチャモ、キモリ、ミズゴロウ、ハスボーの5匹はひょんなことからロケット団の秘密基地を発見する。その秘密基地はロケット団の3人組がボスを迎えるため作ったものだった。
ムサシとコジロウがボスを迎えに出て行った後、ニャースは自身の発明した「モンスターダンシングボール」をためしに作動させる。このモンスターダンシングボールは、音楽を流すとどんなポケモンでも勝手に踊りだしてしまうというものだった。ニャース達は踊りのサポートをする楽団として、森に住んでいた3匹のゴニョニョを捕まえる。
一方、秘密基地の中に入り込んだピカチュウ達はそこで捕らわれたゴニョニョ達を発見。救出するも、ニャース達に発見されてしまう。
その時、ひょんなことからモンスターダンシングボールが作動。近くにいたポケモン達は勝手に踊り始める。ドゴームやルンパッパまでやって来て、...
发生在炎炎夏日的海边，为了争夺游戏场，在玩耍的皮卡丘们与喵喵们吵了起来，突然刮起一阵暴风雪将大家都吹散了。皮卡丘睁开眼时，发现同伴都不在身边，自己还置身于冰天雪地的世界里！为了能回到原来的地方，皮卡丘展开了大冒险。
《皮卡丘的淘气岛》是个有许多游乐设施的小岛，小果然们在这里快乐地玩著，但是想将小岛占为己有的喵喵们却将它们赶了出来。为了夺回大家的游戏场，皮卡丘们站出来与喵喵们对决！
自从花之魔法使玛丽贝鲁（本多知惠子 配音）带着她的精灵丹伯林（坂本千夏 配音）来了之后，百合（こおろぎ さとみ 配音）和小健（折笠爱 配音）姐弟两个变得活泼多了。玛丽贝鲁是个神奇有魔力的花仙少女，她的朋友唐唐（菲尼克斯火鸟）的生日快到了，她用魔法带领白合与小健来到了妖精和花魔法使的国度花魔法界，给唐唐过生日，这里的世界像仙境一般滨彩斑斓像花的海洋一样漂亮。唐唐已是五百岁的老爷爷了，菲尼克斯每五百年重生一回，自从地球诞生后，守候着地球上所有生物使它们变得有灵性的就是菲尼克斯。唐唐需要人类持有的菲尼克斯钥匙，才能重生，但它接收了吉特的副钥匙变成了恶魔之鸟，这样地球在五百年之内就会变成黑暗的世界了。玛丽贝鲁用魔法香水带领着百合和小健他们飞了起来，去寻找正钥匙去了......
不気味な風車のある屋敷に訪れたカラカラ。屋敷に住むゴーストやドガースたちはカラカラを様々な手段で驚かそうとする。なんとこの日は屋敷のポケモンたちがおばけの真似をするという「おばけカーニバル」が開かれる日であった。
時を同じくして、近くの湖にピクニックにやってきたピカチュウたち。ところが突然の雨により、雨宿りの場所を探すことにする。そして雨宿りのため屋敷に立ち寄るピカチュウたち。しかし、雨を降らせたのは屋敷のポケモンたちであり、ピカチュウたちを屋敷へ誘い出すのが目的だった。そしてさっそくピカチュウたちを驚かせようとするが…
某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。
唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。
某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。
害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。
铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子 配音）家的庭院之中。
铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着铃可，穿越回了十六世纪的战国时代，在哪里等待着他们的，除了新奇刺激的体验，还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。
