2015年，朋友派出的恶魔推销员遍布世界各大主要城市，致命的病毒就此蔓延，全球愈20亿人丧命。在此之后，朋友开发出的疫苗拯救无数绝望的生灵，他再次被人类奉为神明，朋友帝国的统治进一步加强。
与此同时，以义常（香川照之 饰）为首的“贤知一派”和神奈率领的“冰之女王军”与朋友及其地球防卫军接连展开对抗。在被高墙封闭起来的东京，朋友做出新的预言，“2017年8月20日这天，外星人将来到地球散播更为致命的病毒，全人类都会因此灭亡”。人类危在旦夕，革命军加紧部署，阿区（丰川悦司 饰）、贤知（唐泽寿明 饰）、青蛙仔（宮迫博之 饰）、丸夫（石塚英彦 饰）也相继回到这里。关系人类命运的最终决战即将展开……
本片根据浦泽直树同名漫画改编，影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准。
折壁嵩男（唐泽寿明）本来是大学医院的优秀外科医生，却因为被恩师背叛而当上杀手。他会接受医院顾问透过律师的委托，不需使用刀枪，只需利用其强大的医学知识，把恶德的医生以完美犯罪的方式逐一解决。但此时潜伏在社会的庞大黑暗组织和他伸出魔掌。
愁云密布的20世纪中叶，出身日本普通家庭的杉原千亩（唐泽寿明 饰）凭借卓越的语言天赋和情报分析能力进入日本外务省，并被外派到伪满洲国外交部工作。他在工作中出色彰显了自身的实力，也被苏联方面判定为“不被欢迎之人”。在1939年，杉原千亩赴任立陶宛的大使馆，随时监视着欧洲大国的动向。未过多久，德国悍然向波兰发动闪电袭击，破坏力巨大且深远的第二次世界大战旋即拉开序幕。由于残酷的种族清洗，成千上万犹太人沦为难民。他们扶老携幼，寻找一切可能而微茫的求生机会。最终他们涌向日本驻立陶宛大使馆，乞求杉原千亩发放过境签证逃亡。
迫于和德国的同盟关系，日本方面拒绝难民的请求。站在国家利益和人性的交界处，杉原千亩做出了重大的决定……
