Set in the near future, Pokemon battles have been outlawed and forced underground where they resemble dog fights. Crime Syndicate, Team Rocket threatens Misty and Professor Oak forcing Ash to throw a match. After doing so, Ash changes his mind and all out Pokewar between Ash and Team Rocket begins.
森で遊んでいたピカチュウ、アチャモ、キモリ、ミズゴロウ、ハスボーの5匹はひょんなことからロケット団の秘密基地を発見する。その秘密基地はロケット団の3人組がボスを迎えるため作ったものだった。
ムサシとコジロウがボスを迎えに出て行った後、ニャースは自身の発明した「モンスターダンシングボール」をためしに作動させる。このモンスターダンシングボールは、音楽を流すとどんなポケモンでも勝手に踊りだしてしまうというものだった。ニャース達は踊りのサポートをする楽団として、森に住んでいた3匹のゴニョニョを捕まえる。
一方、秘密基地の中に入り込んだピカチュウ達はそこで捕らわれたゴニョニョ達を発見。救出するも、ニャース達に発見されてしまう。
その時、ひょんなことからモンスターダンシングボールが作動。近くにいたポケモン達は勝手に踊り始める。ドゴームやルンパッパまでやって来て、...
这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？
在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去了。“糟糕了！”皮卡丘赶紧要飞奔过去。可是，稍微注意一下就发现了皮卡丘所站的地方，是一个有著柱子的地方。向下方看去，就可以发现这是个好高好高的大楼。一不小心掉下去的话可就糟糕了。在那儿，有一群要将皮卡丘弄掉下去的黑乌鸦。啊！皮卡丘竟然掉下去了！！
宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外......
寻找”闪亮亮”一路心惊惊！大都会里的大冒险！ 追著宝贝的球，皮卡丘它们来到了大都会。在左张右望观察附近环境时，‘咚!’的一声，他们撞上刺刺耳皮丘与迷唇蛙了！接著‘啊！闪亮亮不见了！那是要给美丽花的礼物耶！’它们两个准备的重要生日礼物不见了！这下糟了，得赶快找到才行。走吧，闪亮大搜查开始了！
发生在炎炎夏日的海边，为了争夺游戏场，在玩耍的皮卡丘们与喵喵们吵了起来，突然刮起一阵暴风雪将大家都吹散了。皮卡丘睁开眼时，发现同伴都不在身边，自己还置身于冰天雪地的世界里！为了能回到原来的地方，皮卡丘展开了大冒险。
《皮卡丘探险俱乐部》的皮卡丘、波加曼、草苗龟来到期待已久的河边玩耍。当它们抵达时，发现喵喵们也在场。然而河里却没有水在流动！为了寻找原因，皮卡丘们和喵喵们前往上游一探究竟，但途中大家却都走散了…
《皮卡丘的淘气岛》是个有许多游乐设施的小岛，小果然们在这里快乐地玩著，但是想将小岛占为己有的喵喵们却将它们赶了出来。为了夺回大家的游戏场，皮卡丘们站出来与喵喵们对决！
不気味な風車のある屋敷に訪れたカラカラ。屋敷に住むゴーストやドガースたちはカラカラを様々な手段で驚かそうとする。なんとこの日は屋敷のポケモンたちがおばけの真似をするという「おばけカーニバル」が開かれる日であった。
時を同じくして、近くの湖にピクニックにやってきたピカチュウたち。ところが突然の雨により、雨宿りの場所を探すことにする。そして雨宿りのため屋敷に立ち寄るピカチュウたち。しかし、雨を降らせたのは屋敷のポケモンたちであり、ピカチュウたちを屋敷へ誘い出すのが目的だった。そしてさっそくピカチュウたちを驚かせようとするが…
大家满心雀跃的夏日祭典！期待以久的歌姬玛力露丽表演时间。但是在皮卡丘他们面前玛力露丽被抓走了！“糟糕了！得赶快救她！”赶往充满危险的“钢之岛”，皮卡丘他们令人七上八下的大冒险！究竟会变得如何呢？
这回可爱的皮丘兄弟又再度现身啰！它们从回家的交通工具掉了下来，并且掉入森林，和皮卡丘们又再次重逢。在森林中，它们还认识到各种不同的宝可梦，当然一路上也充满重重危机…皮卡丘它们能够化险为夷吗？
于BD&DVD第12卷收录的未放映话（OVA）
『A Magical Valentine's Day（魔法情人节）』
情人节当天，
莲和意中人去喜欢的地方度过快乐的时间，
但是，这快乐的时间，没有持续到最后······？
魔性男子雨宫莲的原创情人节集锦故事，
请以慈母般的胸怀来享受这11种快乐。
草帽海贼团所向披靡，不过却遭遇了食物短缺的困境。众人饿得奄奄一息，不得动弹。路飞独自出行寻找食物，路上遭遇了邪恶的海贼“三日月”加林。加林原打算袭击某个平静祥和的海港小镇，谁想到半路招惹了路飞，结果被一网打尽。来到小镇的路飞被餐馆女孩希路克当作加林攻击，当得知对方只是来寻找食物时，希路克热情地接待了她。这个美丽的女孩有着曲折的身世，15年前这个小镇遭到毁灭性的打击，她作为海贼的孩子被遗弃在这里，而镇上的人民却不计前嫌收养了她。因此，希路克分外感激，决心不计一切保护小镇。
不甘失败的加林率手下追到小镇，一场大战在所难免……
