1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官（佟大为 饰）指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟（张歆怡 饰）等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒（克里斯蒂安·贝尔 Christian Bale 饰）。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨（倪妮 饰）希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……
唐朝，梅岑山秘色瓷艺人余秀（牛犇 饰）为体弱多病的光王李怡（聂远 饰）烧制护身观音宝像供奉于五台山。宝像制成时，他捡到一个女婴，于是抱养回家为其取名为莲妹（李纯 饰）。人们说，女婴和观音宝像同来，是天意，是观音的人间示现。20年后莲妹长成楚楚动人的少女，乐善好施，慈悲待人，因为养父告诉她，所有的路人或许就是她的亲生父母。人们也说，莲妹善良的品格跟观音菩萨一样充满了慈悲。
日本遣唐使慧萼（中泉英雄 饰）入唐，在莲妹的帮助下，雨中求请秘色瓷观音座像，终于如愿。
慧萼登船启航回日本，途经梅岑山时，海上突起风浪，慧萼和秘色瓷观音像落入海中。前来送行的莲妹纵身入海施救，自己却消失在风浪中。慧萼大悲，却见朵朵莲花顺流而来，将海船团团围住，铺成一片莲花的海洋。慧萼看见莲花中，莲妹冉冉升起，幻化为手持莲花的白衣观音！慧萼顿悟，于是他毅然决定将这座秘色瓷观音座像供奉于...
