为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个神秘的小家伙的帮助。他的反常举动引起了当地的美丽女孩卡莉塔的注意，最终众人发现，那个帮助了小智的家伙就是传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。
早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子的争斗摧毁了这个国家的宁静。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此衰败。作为古国的后裔，卡莉塔的哥哥德雷多（つるの剛士 配音）决定依靠比克提尼重建大地之乡……
持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。
在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小...
森で遊んでいたピカチュウ、アチャモ、キモリ、ミズゴロウ、ハスボーの5匹はひょんなことからロケット団の秘密基地を発見する。その秘密基地はロケット団の3人組がボスを迎えるため作ったものだった。
ムサシとコジロウがボスを迎えに出て行った後、ニャースは自身の発明した「モンスターダンシングボール」をためしに作動させる。このモンスターダンシングボールは、音楽を流すとどんなポケモンでも勝手に踊りだしてしまうというものだった。ニャース達は踊りのサポートをする楽団として、森に住んでいた3匹のゴニョニョを捕まえる。
一方、秘密基地の中に入り込んだピカチュウ達はそこで捕らわれたゴニョニョ達を発見。救出するも、ニャース達に発見されてしまう。
その時、ひょんなことからモンスターダンシングボールが作動。近くにいたポケモン達は勝手に踊り始める。ドゴームやルンパッパまでやって来て、...
这个城市里，究竟住著什么样的宝可梦呢？
在大都会正中央的一个屋上庭园。不经意地，朝旁边的大楼望去，就看到了可爱的皮丘兄弟。可是喜欢恶作剧的弟弟皮丘对著皮卡丘作了个鬼面，并且，就那样从楼上掉落下去了。“糟糕了！”皮卡丘赶紧要飞奔过去。可是，稍微注意一下就发现了皮卡丘所站的地方，是一个有著柱子的地方。向下方看去，就可以发现这是个好高好高的大楼。一不小心掉下去的话可就糟糕了。在那儿，有一群要将皮卡丘弄掉下去的黑乌鸦。啊！皮卡丘竟然掉下去了！！
宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外......
寻找”闪亮亮”一路心惊惊！大都会里的大冒险！ 追著宝贝的球，皮卡丘它们来到了大都会。在左张右望观察附近环境时，‘咚!’的一声，他们撞上刺刺耳皮丘与迷唇蛙了！接著‘啊！闪亮亮不见了！那是要给美丽花的礼物耶！’它们两个准备的重要生日礼物不见了！这下糟了，得赶快找到才行。走吧，闪亮大搜查开始了！
发生在炎炎夏日的海边，为了争夺游戏场，在玩耍的皮卡丘们与喵喵们吵了起来，突然刮起一阵暴风雪将大家都吹散了。皮卡丘睁开眼时，发现同伴都不在身边，自己还置身于冰天雪地的世界里！为了能回到原来的地方，皮卡丘展开了大冒险。
《皮卡丘探险俱乐部》的皮卡丘、波加曼、草苗龟来到期待已久的河边玩耍。当它们抵达时，发现喵喵们也在场。然而河里却没有水在流动！为了寻找原因，皮卡丘们和喵喵们前往上游一探究竟，但途中大家却都走散了…
《皮卡丘的淘气岛》是个有许多游乐设施的小岛，小果然们在这里快乐地玩著，但是想将小岛占为己有的喵喵们却将它们赶了出来。为了夺回大家的游戏场，皮卡丘们站出来与喵喵们对决！
不気味な風車のある屋敷に訪れたカラカラ。屋敷に住むゴーストやドガースたちはカラカラを様々な手段で驚かそうとする。なんとこの日は屋敷のポケモンたちがおばけの真似をするという「おばけカーニバル」が開かれる日であった。
時を同じくして、近くの湖にピクニックにやってきたピカチュウたち。ところが突然の雨により、雨宿りの場所を探すことにする。そして雨宿りのため屋敷に立ち寄るピカチュウたち。しかし、雨を降らせたのは屋敷のポケモンたちであり、ピカチュウたちを屋敷へ誘い出すのが目的だった。そしてさっそくピカチュウたちを驚かせようとするが…
大家满心雀跃的夏日祭典！期待以久的歌姬玛力露丽表演时间。但是在皮卡丘他们面前玛力露丽被抓走了！“糟糕了！得赶快救她！”赶往充满危险的“钢之岛”，皮卡丘他们令人七上八下的大冒险！究竟会变得如何呢？
这回可爱的皮丘兄弟又再度现身啰！它们从回家的交通工具掉了下来，并且掉入森林，和皮卡丘们又再次重逢。在森林中，它们还认识到各种不同的宝可梦，当然一路上也充满重重危机…皮卡丘它们能够化险为夷吗？
在日本岐阜县某座城市，生活着无忧无虑的小黑猫鲁道鲁夫（井上真央 配音）。原本优哉游哉陪伴着小主人理惠的他，不小心钻进了货柜车中，结果一路被带到了东京。在这座完全陌生的大都会里，他邂逅了认识人类文字的流浪猫首领——虎斑猫易白易阿特那（铃木亮平 配音）。
由于对自家的情况说不清道不明，所以易白易阿特那认为鲁道鲁夫很难回到故乡了。失落的鲁道鲁夫被迫开始了流浪猫的生活。在此期间，他跟随易白易阿特学习人类文字，从而掌握了许多珍贵的求生技巧。而从新交到的朋友布奇（八岛智人 配音）那里，他得知了能够回到老家的办法。可是就在启程的第一天，易白易阿特在和牛头犬德比尔（古田新太 配音）的争斗中身负重伤……
