自从花之魔法使玛丽贝鲁（本多知惠子 配音）带着她的精灵丹伯林（坂本千夏 配音）来了之后，百合（こおろぎ さとみ 配音）和小健（折笠爱 配音）姐弟两个变得活泼多了。玛丽贝鲁是个神奇有魔力的花仙少女，她的朋友唐唐（菲尼克斯火鸟）的生日快到了，她用魔法带领白合与小健来到了妖精和花魔法使的国度花魔法界，给唐唐过生日，这里的世界像仙境一般滨彩斑斓像花的海洋一样漂亮。唐唐已是五百岁的老爷爷了，菲尼克斯每五百年重生一回，自从地球诞生后，守候着地球上所有生物使它们变得有灵性的就是菲尼克斯。唐唐需要人类持有的菲尼克斯钥匙，才能重生，但它接收了吉特的副钥匙变成了恶魔之鸟，这样地球在五百年之内就会变成黑暗的世界了。玛丽贝鲁用魔法香水带领着百合和小健他们飞了起来，去寻找正钥匙去了......
KERORO剧场版5周年纪念，《超剧场版KERORO军曹 诞生！究极KERORO 奇迹的时空岛》即将启动！在KERORO最新剧场版中，将有阳光海滩、可爱的精灵，神秘的双胞胎和最凶邪灵登场，KERORO军曹将变身究极形态展开前所未有的超级大战。实力派歌手平原绫香也将为本作倾情献声。
一日，冬树收到了一个和KERORO一模一样的石像，为了解开这个秘密，KERORO和冬树开始了前所未有的大冒险……
某日，小新（矢岛晶子 配音）、小葵和美伢（楢桥美纪 配音）被一群神秘人物绑架，醒来之后发现身处一间神秘的基地之内，原来，这里是名为“温泉G组”的秘密组织，意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而，横空出世的污垢达人博士（家弓家正 配音）企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。
唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的，就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”，而组员们经过调查，发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉，却遭到了污垢达人博士的袭击，并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。
某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。
双叶幼稚园的小朋友们来到了高快乐园，在此进行愉快的远足活动。期间，小新（矢岛晶子 配音）在误打误撞之中来到了高快马戏团内，看到了木偶娃娃多佩玛（渊崎有里子 配音）。多佩玛告诉小新，自己被邪恶的乔奇莉诺（室井深雪 配音）施下了诅咒只能在晚上现身，而这个马戏团其实是邪恶的马卡欧（大冢芳忠 配音）和裘马（田中秀幸 配音）两人的老巢，而小新拥有能够将他们打败的扑克牌。
害怕的小新并没有答应帮助多佩玛，第二天，幼稚园新来了一位名叫雪人（古川登志夫 配音）的老师，而雪人来这里的唯一目的，就是夺回小新的扑克牌。很快，笑眯眯胖乎乎的雪人就取得了广志和美伢的信任，并下药将他们迷倒。在这千钧一发之际，小新念出了多佩玛教给他的召唤咒语，打败了雪人。
铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子 配音）家的庭院之中。
铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着铃可，穿越回了十六世纪的战国时代，在哪里等待着他们的，除了新奇刺激的体验，还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。
就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。
小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。
一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千...
某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志
和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……
每天入夜，当春日部的居民们酣然入睡之后，他们都会来到一个神奇而又美丽的梦中世界中。在那里，他们可以实现一切想要实现的愿望，满足一切渴望满足的要求，这个梦中的世界充满了快乐和幸福。
某日，一个名为贯庭玉崎的女孩跟父母一起搬来了春日部市，成为了这个城市中的新的一份子。然而，从那一天开始，大家就再也没有做过美梦了。那个曾经温暖的梦中世界，如今充满了痛苦、悲哀和恐惧，而梦境中的灾难亦渐渐延续到了现实之中。这一切的发生，显然和玉崎有着脱不清的干系。为了弄清事件的真相，小新（矢岛晶子 配音）联手风间（真柴摩利 配音）和妮妮（林玉绪 配音）等小伙伴们展开了调查。
美好的周末假期，野原新之助（矢岛晶子 配音）和爸爸广志（藤原启治 配音）一起去看机器人的科幻电影，走出电影后的父子俩兴奋地大玩合体游戏，谁知广志却不慎扭伤了腰。忍受不了老婆的碎碎念，广志去医院看病，可是周末医院休诊，父子俩只得来到公园休息，结果还被妈妈团赶了出去。当父子俩走在回家路上的时候，色色的广志被一家按摩店的美女招待员所吸引，于是把小新打发回家，自己则跟着对方进入店里。从昏迷中醒来的广志以飞快的速度回家，结果吓到了全家人，原来他被美容院改装成机器人。最初的震惊恐惧之后，野原家渐渐习惯了这个家务全能的新爸爸。
然而随着城市中机器爸爸越来越多，潜在的危机则悄然浮出水面……
小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船......
这天在小新居住的春日部附近，突然新开了一家叫“20世纪博”的游乐园。游乐园里到处播放着从前20世纪的旧的电视节目和电影，这里，一切都是从前时光的回放。每一个到了这里的大人，都沉浸在过去的旧时光里，而对小孩子来说，这些的东西一点意思都没有。令小新万万想不到的是，进入了游乐园的爸爸妈妈都不在理会其他事情，只是一直沉醉在以往的时光里。城里的大人们都进去了，只剩下了小孩子！这到底是谁的阴谋，小新他们能否粉碎这阴谋？
动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗...
在一个阳光明媚的日子里，草帽海贼团的伙伴们正在某个海滩悠闲度假。然而泊在岸边黄金梅利号就在他们鼻子底下被人偷走。一个礼拜后，他们仍旧灰溜溜地在海上漂泊。正在为难之时，路修等人遇见小毛贼博洛德和阿基斯。这二人正打算前往发条岛盗取名贵的钻石钟，而黄金梅利号很可能就是盘踞岛上的扑克牌海贼团所窃。不久他们遇见扑克牌海贼团的船队，然首次交手便告失利，娜美更被对方虏去。为了找回船和同伴，并得到钻石钟，草帽海贼团与盗贼兄弟燃气斗志，向发条岛挺进……
本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2001年上映的第二部动画剧场版，尾田同时担任作画监督。
