知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！
一天，Festum突如其来袭击了龙宫岛被问及“你在那里吗…”的那一天起回溯到1年前。比总士、一骑等人高一年级的前辈将陵僚等人就读的龙宫岛中学，举行了错季的「毕业」典礼…。是的，那正是等待他们的命运之序章…。
在魔法界一直流传着一个传说：如果谁被每100年出现一次的传说之石“愿望之石”选中的话，不管许什么样的愿望都能实现。这天光之美少女们出席了魔法界为庆祝这一盛事到来而举办的盛大祭典——“大魔法庆典”，而且在庆典上被愿望之石选中的竟然是未来的毛绒玩具熊莫夫伦。然而就在这时，神秘的谜之熊达克玛塔突然出现抓走了莫夫伦与愿望之石，妄想利用愿望之石实现其“消灭所有魔法使”的罪恶阴谋，为了救出莫夫伦并阻止达克玛塔的这一阴谋，光之美少女们展开了行动……
浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。
“你……在那里……吗？”
有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。
其实早在29年前，龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上，这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静……
龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。
是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？
一骑紧握好友总士的手，开始了不知终点的战斗之路……
※STAFF※
原作 ： XEBEC
企画 ： 大月俊伦·下地志直
文芸统括 ： 冲方丁
故事构成 ： 山野辺一记
人物设定： 平井久司
色彩设定 ： 関本美津子
音响监督 ： 三间雅文...
铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
世界の何処かにあるという「しずくの森」[3]。雨粒の妖精であるしずくちゃんを取り巻く仲間達と共に、様々な物語が展開されて行く。
