舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
在繁华都市的一隅，名为NOUGHT的剧团正在进行他们的魔法向戏剧表演。等等力天音（内田彩 配音）卖力演出，附着了妹妹莉莉安灵魂的玩具小熊特迪贝亚冷冷吐槽。场面虽然无比热闹，但是观众的反应极其冷淡。热爱魔术的天音渴望让所有人都理解ISH能力下魔术的美妙，她有心请座长不动奈奈枝（香和由美 配音）也加入表演，不过座长无动于衷。在外出闲逛的时候，她偶然邂逅了一个美丽少女，对方竟识破了她的ISH能力。眼前的女孩，正是超人气剧团“I·A·M”的天才魔术师AYA（东山奈央 配音）。
天音跟随AYA来到剧团，她完全不知道等待自己的是怎样不可思议的命运……
由于童年的获救经历，初中三年级生Q（绪方惠美 配音）立志成为侦探。虽然年纪不大，但Q拥有着敏锐的观察力和极强的逻辑推理能力，这样的他具备着成为侦探的重要素质。为了完成梦想，Q参加了団守彦（田中秀幸 配音）创立的侦探学院入学考核，然而，考试的结果里，他同拥有瞬间记忆能力的少女美南惠（桑岛法子 配音）、身手了得的远山金太郎（石川英郎 配音）、电脑天才明沢数马（川上朋子 配音），以及同样拥有天才级推理能力的天草流（远近孝一 配音）四人被编入了奇怪的“Q班”。
在Q班里，他们发挥着自己的特殊能力破解了一桩又一桩令人费解的悬案，然而，在这些案件的背后，一个叫做“冥王星”的组织出现在了大家的面前。
生长在瓦尔哈那行星的美丽公主瓦尔古雷，为了逃避所谓的政治婚姻，从行星出逃了……
当她即将在地球降落时，UFO飞船因为失控，冲向了「时乃汤」，压倒了和人……
为了挽救和人的生命，瓦尔古雷将自己最重要的东西--“灵魂”的一半分给了和人，然而自己因为超能力的减弱，变成了非常可爱的小女孩。在意识模糊之时，和人看到了还没变小的瓦尔古雷，心仪不已。就这样，瓦尔古雷与和人一起住在「时乃汤」。
好景不长，另一个脾气暴躁的公主海多拉（因为瓦尔古雷的逃婚而被顶替结婚的她，非常嫉恨瓦尔古雷）从行星跑出来寻找瓦尔古雷，也来到了地球。同样，她降落地球时也把秋菜的七弧神社给撞烂了。（也难怪，秋菜后来那么对付她）终于，她发现了瓦尔古雷的行踪，但这时，和人带着瓦尔古雷逃跑了……
可是最后，他们还是被海多拉找到了。两人被海多拉发出的冲击波击中，倒在地上。关键时刻，和人吻了瓦尔古雷……...
商朝末年，人间一片惨状。本来贤明的君主纣王（三浦绪子 配音）被妖女妲己（加素由美 配音）魅惑，终日沉迷在酒池肉林之中。妲己代领其一帮妖怪仙人全权掌管着朝政，一时间生灵涂炭，民不聊生。同一时刻，在天界修行的道士太公望（结城比吕 配音）接受了一个叫做“封神”的任务，他要一一打败卷轴中的邪恶仙人，将它们的魂魄封印在“新界”之中。太公望和坐骑四不像（增川洋一 配音）来到人间，被眼前的惨状所震撼，在执行封神任务的过程中，他渐渐发现所谓的“封神”并不如表面上所示的那么简单。
妲己的名字也在卷轴之中，可是太公望凭借一己之力无法打败如此强大的敌人。太公望来到西岐，说服诸侯姬昌（麦人 配音）集结兵力推翻殷的统治，从而达到打倒妲己的目的。此时，仙界一直对抗的两方势力也借此骚乱开始蠢蠢欲动。一场跨越人间和仙界的惨烈战争即将爆发。
从表面上来看，美夕（长沢美树 配音）是一个普通的少女，但她还有着第二重身份——东方吸血鬼。但是，作为一个吸血鬼，美夕的猎物并不是人类，正相反，她的任务是解救被“魔神”侵蚀的人类，不惜一切手段，甚至是将人类送入地狱。“魔神”，是善于控制人类心智的一种魔物，它们潜伏在人类的内心深处，待到最恰当的时机突然爆发，而这种爆发，对于人来来说，往往都意味着死亡。美夕正是用吸血的方式，将魔神驱逐出人类的身体再加以消灭。同时，作为美夕一直的敌人，冷羽（绪方美惠 配音）一直在其后紧追不舍。
在战斗的进程中，美夕渐渐发现，魔神并不是真正的敌人，真正的敌人是躲在魔神背后的操纵者，只有消灭了操纵者，才能够使人类获得永恒的救赎。而当操纵者的真面目出现在美夕面前时，美夕受到了极大的震撼。
近未来，人类科技空前进步。与此同时，邪恶也在世界范围内肆意蔓延。拥有优秀科学家团队和先进机械研发技术的机械皇帝妄图称霸世界。他建立起一个庞大的机器王国，下面的战士配有名为“B'T”高智能机器人。凭借于此，机械王国所向披靡，无往不利。在机械皇帝之下另有四个地位尊贵显赫的四灵将，四灵将之一华莲偶然得知机械皇帝的真面目，于是带着她的B'T逃脱，最终她隐居在神居岛，担任少年铁兵的教练。
5年后，铁兵的兄长——天才机械科学家钢太郎在某国的机械博览会上遭到机械皇帝的绑架。铁兵为救兄长秘密潜入机械王国，偶然机会更使华莲早已报废的B'T复活，并将之命名为B'T X。这对搭档开始向着神秘、强大的机械王国进发。在这一过程中，机械皇帝的真面目也逐渐被揭开……
故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一 配音）和住吉千里（中村绘里子 配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织 配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就 是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。
不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠 配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。
音无结弦（神谷浩史 配音）死后来到了死后的世界。醒来后发现在一座学校里，一名叫仲村由里（樱井浩美 配音）的女孩让他加入“无法容忍死掉战线”组织，简称SSS。他们的任务就是要和敌人——神的代表学生会长天使立华奏（花泽香菜 配音）作战。由里是这条战线的领袖，只要反抗天使就能继续存在，消灭天使就能获得世界。还没恢复记忆的音无只好答应加入她们的组织，但是他发现天使刀枪不入，他们都是不会受伤和死亡的。所谓敌人和战斗都是针对天使立华奏一个人的。音无还没恢复记忆，他不清楚这样的行为是不是正当的。真相慢慢被揭穿，年轻的生命们早早夭折，到底是神的恶意玩笑还是另有安排......
残酷的地下格斗继续进行着。
王马第一战虽然赢了，但接下来就要面对吴之一族的强悍对手。王马将要如何杀出重围？
2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——
在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。
这一计划的名称是“Niantic计划”。
其目的是研究干涉人类精神的未知物质。
被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，
自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。
世界各国的机关暗中进行着这项研究。
XM被视为人类的希望或是威胁，
大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。
接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。
将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。
世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。
在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。
之后，2018年——。
以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。
将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，
从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。
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