该剧改编自著名作家刘斯奋获得茅盾文学奖一等奖的同名长篇历史小说《白门柳》原著。
该剧以明朝灭亡、清军入关这一改朝换代的历史巨变为背景，通过秦淮名妓柳如是与江南名士钱牧斋的一段传奇姻缘，柳如是一心想辅佐丈夫报效国家，怎奈明末朝廷腐败，丈夫与自己的志向又有分歧，于是跳河自杀，未遂，丈夫死后，又起了遗产之争，于是再次上吊自杀，非常悲情。以此带出当时“复社”一批知识分子在国破家亡、山河破碎之际的坎坷遭遇及悲惨命运，同时细腻展现了江南的风物人文，堪称为一幅末世的《清明上河图》。其中既有政治场中严酷的正邪之战、社党内部的恩怨纷争，又有秦淮两岸男女在乱世中的感情纠葛，交织成一曲波澜壮阔、悲风四起的末世挽歌，具有极强的历史穿透力和艺术感染力。
崇祯十五年，皇帝罢相，另选首辅大臣，江南名士钱牧斋的呼声最高。钱本已厌倦官场争斗，可是当他与才情横溢，心高气傲的名妓柳如是一...
明嘉靖皇帝欲登仙界，整日祈求长生不老。他受道士王金、申世恩、花非花之骗，降旨要在仙人巷修建灵坛一座，供养女姑花非花奉献的"灵芝仙草"。为建灵坛，工部主事顾造及道士率众锦衣卫强拆民房，搞得黎民百姓惶恐不安。户部主事海瑞巡视民情时，目睹奸臣掠夺民财，他挺身而出伸张正义。梁材奉首辅大臣徐阶之命督察修建灵坛之事，与海瑞相遇，二人同慨百姓的疾苦，共诉嘉靖昏庸无道。来到仙人巷，梁材一眼识破道士、道姑乃是他三年前曾追捕过的三个贼人。梁材很是气愤，欲揭穿他们的诡计。假道士唯恐真面目被揭露，策划谋杀海瑞未遂，罪恶的魔掌又伸向梁材。此时国家外有倭寇进犯，内有朝廷腐败，危机四伏，民不聊生。梁材只因上朝劝谏，一言触犯假道士，被廷仗六十，边外充军……秉性刚直、一身浩然正气的海瑞欲为国分忧，但苦于自己六品小官无法上朝劝谏。他拜见首辅大臣徐阶，望其能劝谏皇上。但徐阶圆滑机巧，不愿...
