高校を卒業した千恵子、真理、良子の三人は指宿に卒業記念の旅行へ。指宿は千恵子の初恋の人村上の故郷だった。無事村上に会えたものの、どうやら彼には好きな女性がいるらしい。
刑事を辞めて探偵に転身した加賀美塔子（片平なぎさ）が勤める探偵事務所に、ミイラを探して欲しいという奇妙な依頼が舞い込んだ。目を丸くする所長宗方（大杉漣）に真剣な表情で先祖のミイラの捜索を頼むのは、和田純一（緒形幹太）と妻の文（菊池麻衣子）。歴史好きの和田夫妻は、古い資料から、純一の先祖のミイラがとある寺に保管されていることを知り、住職の田端了全（山田明郷）に引き取りたいと申し出た。了全の快諾を得て和田家の菩(ぼ)提(だい)寺(じ)に安置するまでの間自宅にミイラを置いておいたが、文がちょっと出かけた隙に何者かに盗まれてしまったというのだ。ミイラのことは誰にも話していないので犯人の心当たりはないという文。警察も取り合ってくれないだろうからと探偵を頼ってきた和田夫妻の依頼に、塔子と相棒の田村直樹（原田龍二）が動き出す。ミイラの盗難現場に遺留品はなかったが...
警視庁強行犯係の樋口顕(内藤剛志)のもとに、生活安全部少年課の警部補で親友の氏家譲(佐野史郎)が現れる。近頃発生している大学への連続爆破予告事件のうち、4件目が樋口の娘照美(逢沢りな)が通う大学で、しかも樋口家のパソコンから予告が書き込まれていたというのだ。氏家は近く捜査員が調べに行くと内々の情報を教える。
そんな中、東京池尻のマンションの一室で殺人事件が発生する。被害者は部屋に住むホステスの南田麻里(三津谷葉子)。第一発見者の石田真奈美(江口のりこ)は麻里の友人で、この日は部屋で飲む約束をしていた。ところが部屋に鍵が掛っておらず、中に入ると既に変わり果てた姿だったと話す。さらに麻里が客の柳本行雄(小林健)によるストーカー被害の相談を警察にしていたことが判明する。ストーカーの被害者が殺されたという事態を重く見た警察庁は、捜査本部に刑事指導官を置く...
